Estructuras Supersecundarias (Motivos) y Dominios


Las Estructuras Supersecundarias pueden definirse como combinaciones  de alfa-helices y estructuras Beta conectadas a traves de asas o lazos, que forman patrones que estan presentes en muchas proteinas diferentes. Estos plegamientos se estabilizan a traves de la misma clase de enlaces que mantiene a la estructura terciaria. Algunas veces se utiliza el termino “motivo” (“motif” en ingles) para describir a estas estructuras supersecundarias.

 

Estas estructuras pueden ser relativamente simples, como alfa-alfa (dos helices alfa unidas por una asa), Beta-Beta (dos Beta-hebras unidas por una asa),  Beta-alfa-Beta (Beta-hebra unida por un asa a una alfa-helice que esta a su vez unida a otra Beta-hebra por otro lazo) o estructuras mas complejas, como el motivo llamado de “Llave Griega” (“Greek key”), o el Barril Beta  (“beta-barrel”).

Motivo de Llave Griega

Motivo de "Llave Griega"

Barril beta

Barril beta

Es muy interesante que estas estructuras repetitivas pueden diferir mucho en su estructura primaria, y ademas, pueden estar presente en proteinas muy diferentes.

 

Algunas proteinas no tienen estructuras supersecundarias.

 

Dominios

 

Son unidades estructurales compactas, estables, dentro de una proteina, formadas por segmentos de una cadena peptidica que se pliegan de forma independiente, con una estructura y funcion distinguible de otras regiones de la proteina y estabilizadas por las mismas fuerzas que la estructura terciaria.

 

Siguiendo esta definicion, es posible distinguir tres dominios en esta representacion de la Piruvato Kinasa:

 

 

Los dominios pueden considerarse como unidades elementales de la estructura y evolucion de las proteinas, que son capaces de plegarse y de funcionar de una manera relativamente autonoma. Un dominio a veces esta formado por motivos, pero otras veces no contiene ninguno.

 

La estructura terciaria de muchas proteinas esta formada por varios dominios.

 

Funciones de los Dominios:

 

A menudo un dominio realiza una funcion especifica y separada para la proteina:

 

- Enlaza a un pequenho ligando

 

- “Atravezar” la membrana plasmatica (proteinas transmembrana)

 

- Contiene el sitio catalitico (enzimas)

 

- Enlazar al DNA (en factores de transcripcion)

 

- Provee una superficie para enlazarse especificamente a otra proteina.

 

En algunos casos (no todos), cada dominio de una proteina es codificado por un exon separado en el gen que codifica a la proteina.

 

 

Mas informacion:

 

En Ingles:

 

Motivos

 

Estructuras Secundarias

 

Aqui, una revision excelente acerca de Dominios Estructurales.

 

En Castellano:

 

Estructuras supersecundarias 

 

Estructura de las proteinas

 

 

 

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5 pensamientos en “Estructuras Supersecundarias (Motivos) y Dominios

  1. Como seria la representación esquemática de una hipotética proteína globular hidrosoluble conformada por dos subunidades diferentes (A y B) con las características estructurales siguientes: a) Los péptidos A contiene aproximadamente 60 % de hélice alfa, 30 % de tira beta plegada y 10 % “al azar” (lazos conectores). Organizados en dos dominios (I y II) donde se concentraron respectivamente, en forma de estructuras súpersecundarias (“motifs”), los segmentos de hélice alfa (dominio I; cercano al extremo amino terminal) y tira beta (dominio, cercano al extremo carboxilo terminal). Cada dominio contiene un puente disulfuro.
    b) Los péptidos B contienen 85 % de sus residuos en forma de tira beta plegada en orientación antiparalela y formando un solo dominio en forma de emparedado.
    c) La interacción de las subunidades se debe exclusivamente a enlaces no covalentes entre el dominio I de la subunidad A y la pared superior del emparedado (hacia el extremo amino terminal de la subunidad B)
    Explique, de acuerdo con su modelo, las interacciones que ayudarían a estabilizar cada uno de los dominios y la estructura global de la proteína.

  2. Hola, buen sitio!
    gracias por el esfuerzo.

    pregunta-> Existe “el científico” que haya propuesto que un dominio es un dominio por x y z razones?
    o.. el concepto de dominio fue cultivándose poco a poco en la comunidad de bioquímicos estructurales?

    comentario->Un par de referencias por aquí y por allá no estarían mal.

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